Claro que sí
Los bots tendrán acceso completo a cualquier mensaje en el que se los mencione usando @. Esta función se ha dejado así para poder mantener las interacciones de acuerdo con los comentarios que recibimos de bastantes desarrolladores tras el anuncio de la restricción al acceso al contenido de los mensajes. Si no te van los comandos de barra lateral, siéntete libre de usar esta alternativa.
Los MD que mandes a un bot funcionarán del mismo modo, aunque esto resultará menos útil, ya que el bot tendrá una capacidad limitada para determinar el servidor de origen de los usuarios.